Browsing by Yonsei Author : Oh, Ji Won

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Name :
Oh, Ji Won [오지원]
orcid http://orcid.org/0000-0001-5742-5120
Department :
College of Medicine (의과대학) - Dept. of Anatomy (해부학교실)

교수 기본정보

세부 전공
해부-발생학
이메일
g1@yuhs.ac

실험실 기본정보

이름
Somatic Mosaicism 실험실 (G1’s lab)
위치
의과대학 신관 140호
구분
Wet Lab (50%), Dry Lab (50%)

연구소개

연구 분야
연구 내용
- 우리 연구실은 사람의 발생과정을 시신 세포로부터 역추적하는 모델을 이용하여 발생 단계를 세포 수준으로 재구성하는 연구를 수행하고 있습니다. 특히 분야의 독특함과 참신함으로 최근(2021)에 Nature에 교신저자로 논문을 보고하고, 이와 관련된 다양한 파생 연구를 수행하며, 인간 발생학 분야와 돌연변이 기전을 새롭게 개척하고 있습니다.
- 연구팀은 돌아가신 지 얼마 되지 않는 기증 시신에서 세포를 배양하고 장기를 적출합니다. 그렇기 때문에, 온전한 개체의 장기와 세포 다양성을 하나의 개체에서 생기는 이질적인 측면(Heterogeneity)을 비교 분석할 수 있습니다. 그 결과, 현재 샘플 확보의 윤리적인 문제에서 비교적 자유로워 학계의 주목을 받고 있는 Post-mortem research (사후 시신 연구)를 세계 그 어느 곳보다 더 정확하고 경쟁력 있게 배울 수 있습니다.
- Whole Genome Sequencing을 기준으로 Wet과 Dry 실험 모두를 경험할 수 있습니다. 현재 연구팀은 Single cell DNA sequencing, Long-read DNA sequencing (PacBio HiFi, Nanopore 등)과 같은 최신 분자 생물학 실험과 시신 부검에서 진행되는 organoid, clonal expansion과 같은 세포 배양 실험 등의 Wet 실험을 수행하고 있습니다. 그와 동시에 전장 유전체 분석과 NGS 분석 등을 수행하는 Dry 실험을 랩 내부에서 진행하고 있습니다. 따라서, 하나의 연구가 어떻게 시작되어서 어떻게 끝이 나는지를 실험실 안에서 모두 살펴볼 수 있고, 이는 추후 독립 연구자로서 큰 경쟁력이 될 것입니다.

학생 참여 정보

학생들이 참여하면 좋을 연구
  • ▷ Whole genome sequencing data 분석을 위한 bioinformatics
  • ▷ 전장 유전체를 분석하면서 얻는 NGS 빅데이터를 분석하고 도식화해서 질병 발생, 세포 분열 시기를 추정하는 연구
  • ▷ 시신에서 유래한 organoid를 포함한 단일 세포 배양
  • ▷ 조직학에 기반한 LCM 및 spatially-resolved laser activated cell sorting (SLACS)
  • ▷ Single cell DNA WGS를 위한 molecular biology
학생 참여 시 사용하게 되는 장비 및 프로그램
  • ▷ Cell culture 및 molecular biology에 사용되는 다양한 장비 (Pipette, PCR machine, etc.)
  • ▷ 조직학을 위한microtome, embedding center 및 LCM 장비
  • ▷ BWA, Bowtie2 (Fastq 파일의 alignment), Samtools (SAM 파일을 BAM 파일로 압축), GATK (Variant calling), Bcftools (VCF 파일을 다룸)
  • ▷ IGV (Reference와 variant의 시각화), Bamsnap (BAM 파일을 capture해줌), CNVpytor (Copy number varation을 확인), Delly (Structural variation을 확인)
참여 전 준비사항
  • G1's lab homepage에 방문하셔서 우리 연구실에서 진행되는 연구분야 등을 파악하고 참여하시면 됩니다.
  • http://g1phase.com/

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Issue DateTitleJournal Title
2024High-Speed Clearing and High-Resolution Staining for Analysis of Various Markers for Neurons and VesselsTISSUE ENGINEERING AND REGENERATIVE MEDICINE
2024Comprehensive analysis of somatic mutations and structural variations in domestic pigMAMMALIAN GENOME
2024Mitochondrial DNA mosaicism in normal human somatic cells NATURE GENETICS
2024Whole-genome sequences reveal zygotic composition in chimeric twins Human Genetics and Genomics Advances
2023Global lineage evolution pattern of sars-cov-2 in Africa, America, Europe, and Asia: A comparative analysis of variant clusters and their relevance across continents JOURNAL OF TRANSLATIONAL INTERNAL MEDICINE
2023Studying Hair Growth Cycle and its Effects on Mouse SkinJOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY
2023Single-cell RNA sequencing identifies distinct transcriptomic signatures between PMA/ionomycin-and αCD3/ αCD28-activated primary human T cells Genomics & Informatics
2023Signalling by senescent melanocytes hyperactivates hair growth NATURE
2023Widespread somatic L1 retrotransposition in normal colorectal epithelium NATURE
2023Grave-to-cradle: human embryonic lineage tracing from the postmortem body EXPERIMENTAL AND MOLECULAR MEDICINE
2022Three-dimensional visualization of cerebral blood vessels and neural changes in thick ischemic rat brain slices using tissue clearing SCIENTIFIC REPORTS
2022Asymmetric Contribution of Blastomere Lineages of First Division of the Zygote to Entire Human Body Using Post-Zygotic VariantsTISSUE ENGINEERING AND REGENERATIVE MEDICINE
2022Hedgehog signaling reprograms hair follicle niche fibroblasts to a hyper-activated stateDEVELOPMENTAL CELL
2022Deep Tissue Clearing for Three-dimensional Imaging Analysis of Murine Pancreas Anatomy & Biological Anthropology(해부·생물인류학)
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