Identification of bile duct cancer specific fusion genes in patient tissues

Abstract

담도 암은 예후가 매우 불량한 대표적인 암으로 5년 생존율이 매우 낮고 기존의 진단 방법들과 상용되는 마커들은 환자의 암조기 발병 진단에 어려움을 갖고 있다. 암의 발생과 진행과정 중 Somatic mutation으로 인해 서로 다른 위치에 존재하는 두 유전자가 유전적 변이에 의해 나란히 배열됨으로 fusion gene이 발생하게 되며 oncogenic한 특성을 갖게 된다. 본 연구에서는 담도 암 환자에서 특이적으로 발현되는 fusion gene을 동정하기 위해 담도 암 환자의 암조직과 이와 인접한 정상조직에서 RNA를 추출하여 RNA sequencing을 진행하여 도출된 sequencing 결과를 토대로 fusion gene을 검출할 수 있는 ChimeraScan, Jaffa 그리고 Fusionchacher 라는 툴을 이용하여 PUM1-TRAF3를 선별하게 되었다. 우리는 55명의 담도암환자와 담도암 세포주에서 fusion gene이 발현되는지 conventional PCR과 ddPCR을 통해 검증하였고 55명의 환자중에서 28명의 환자에서 PUM1-TRAF3 fusion gene이 발견되었으며 그 빈도는 50.9%이다. 담도암 세포주에서는 해당 fusion gene이 발현되지 않았으며 그중 SNU1196에 PUM1-TRAF3를 형질주입시켜 fusion protein의 과발현을 유도하였다. 그 결과 PUM1-TRAF3는 EMT marker들의 증가와 세포 증식력과 이동성 및 클론형성력이 증가 하였으며 이러한 발견은 담도 암 환자들의 예후를 예측할 수 있는 하나의 마커로의 가능성을 시사하고 있다.