Genotyped-Proband Design에서 침투율의 추정방법에 관한 연구

Abstract

[한글]

본 논문에서는 유전자에서 희귀한 변이(mutation)의 침투율(penetrance)을 추정하기 위하여 지원자(volunteer), 또는 시조(proband)를 이용하는 단면연구(cross-sectional study)의 다른 형태인 GPD(Genotyped-proband desig n)를 이용하고, 그 중에서 Moore 등(2001)이 제시한 유사우도함수(pseudo likelihood function) 와 Chatterjee 등(2001)에 의하여 제안된 주변우도함수(marginal likelihood function)를 이용한 침투율의 추정에 관한 내용을 중점적으로 다룬다. 통계프로그램(S-PLUS)을 이용한 모의실험기법에서는 유사우도를 이용한 추정기법에 대한 평가를 하기 위하여, GPD에 기초한 모의자료를 멘델리안 계산(Li, 1976)을 적용하여 생성하였고, 유사우도추정기법과 환자-대조군 연구(case-control)에 기초한 추정기법을 비교했을 때, 다음과 같은 결론을 얻을 수 있었다.

첫째, 유사우도추정기법은 기존의 연구에 비해서, 조사해야 할 시조의 수(number of proband)에 덜 민감하다.

둘째, 변이가 드문 경우, 즉, 가 작은 경우에도 침투율을 추정하는데 있어서 보다 정확하게 추정치를 구할 수 있다는 것이다.

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핵심되는 말 : Genotyped-Proband Design, 침투율, 킨-코호트, EM 알고리즘, 시조, 유사우도, 주변우도

[영문]

In the thesis, we developed the Genotyped-Proband Design(GPD), an alternative cross-sectional study that used volunteer or probands, for estimating the penetrance of a rare mutation. Especially, pseudo-likelihood (Moore et al, 2001), marginal-likelihood(Chatterjee et al, 2001) were main parts of the thesis about estimating penetrance.

For the analysis of simulated data using S-PLUS, we generate pedigree data with respect to GPD, using Mendelian calculation in order to evaluate estimating method of pseudo-likelihood. Comparing to estimating method based on pseudo-likelihood and

case-control, we found two conclusions.

First, Pseudo-likelihood estimating method is less sensitive number of probands than case-control estimating method.

Second, Pseudo-likelihood estimating method is more consistent estimate of penetrance than based on case-control approach in a rare mutation, small allele frequency.