유전자간 상호작용 연구에서 결측치 처리방법 비교

Abstract

최근 유전학 분야에서 유전자간 상호관계를 연구하는 방법으로 MDR 방법이 많이 사용되어 지고 있다. 이 방법은 고차원의 희박 자료의 모수적 방법의 한계를 극복하기 위해 제안되었다. 질병에 감수성이 높은 좌위를 발견하기 위한 연구에서 결측 유전자형 문제는 유전자형 분석(genotyping)의 기술이 발전했음에도 불구하고 일반적으로 직면하게 되는 문제이다. 하지만 SNP 분석에서 종종 결측 유전자형이 무시되곤 하는데 동시에 여러 개의 SNP들을 분석하게 될 경우 큰 문제가 발생할 수 있다. 본 논문에서는 실제자료인 연세대학교 심혈관계질환 유전체연구센터에서 조사된 관상동맥질환 환자군 503명, 정상대조군 503명, 총 1,006명의 대상을 이용하여 SNP의 결측률이 5%와 10%인 모의자료를 생성하고 관심있는 32종의 SNP중 5개, 10개의 SNP를 이용해 교차타당성 일치도가 높은 유전자 조합을 찾는 과정에서 Complete 방법, 단순 대체법, Available 방법, EM 대체법의 방법간 비교를 해보았다. 비교해 본 결과, 전반적으로 결측률이 커질수록 정확도와 교차타당성 일치도가 떨어짐을 알 수 있었고, Complete 방법, 단순 대체법보다 Available 방법과 EM 대체법의 정확도와 교차타당성 일치도가 높았다. 결측률의 변화에 따른 정확도와 교차타당성 일치도가 높은 SNP 조합의 선택에 있어서 일치도가 높았던 방법은 EM 대체법이었다.